各种各样的水果和蔬菜，特别是柑橘类水果，含有更多的柠檬酸，特别是柠檬和酸橙——。它们含有大量的柠檬酸，干燥后，含量可达8％（约为果汁），为47克/升）。在柑橘类水果中，柠檬酸的含量在橙子和葡萄的0.005 mol/L和柠檬和石灰的0.30 mol/L之间。该含量随着不同栽培种和植物的生长而变化。

 

自克雷布斯于1940年提出三羧酸循环理论以来，柠檬酸的发酵机理逐渐被人们所认识。已经表明，在从糖原料生产柠檬酸的生化过程中，从糖到丙酮酸的过程与醇发酵相同，即通过E-M途径（己糖二磷酸途径）进行糖酵解。然后将丙酮酸进一步氧化和脱羧以形成乙酰-CoA，并且通过乙酰-CoA和丙酮酸羧化形成的草酰乙酸缩合成柠檬酸并进入三羧基途径。

 

柠檬酸是代谢过程中的中间体。在发酵过程中，当微生物中的乌头酸水合酶和异柠檬酸脱氢酶的活性非常低。且柠檬酸合酶的活性高时，它有利于柠檬酸的积累。